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  • Julien PLENECASSAGNES

    Ingénieur Bioinformaticien

Allons-y !

Julien
PLENECASSAGNES

Ingénieur Bioinformaticien

Ma présentation

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Découvrez moi...

Mon profil

Qui suis-je ?

Passionné par la biologie et l'informatique depuis le lycée, j'ai souhaité mélanger ces deux formations pour former mon projet professionnel.

C'est donc naturellement que j'ai commencé par un DUT Informatique (Bac+2). J'ai ensuite fait une licence professionnelle en Bioinformatique (Bac+3) suivie d'un Master en Bioinformatique (Bac+5).

Ce que j'aime dans ma profession est le côté "touche à tout" c'est-à-dire à la fois le développement dans différents langages de programmation mais aussi la réflexion biologique présente derrière chaque traitement.

Mes expériences

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Découvrez l'ensemble de mes expériences professionnelles (Stages, Contrats, ...)

2015 / Oct - ...

IUCT - Oncopole

Ingénieur Bioinformaticien

Actuellement en poste à l'Institut Universitaire du Cancer de Toulouse - Oncopole www.iuct-oncopole.fr

Développement de pipelines pour les analyses NGS (Next Generation Sequencing) dans l'aide au diagnostic, sur un cluster de calcul.

2014 / Sep - 2014 / Dec

INRA de Toulouse

Stagiaire Bioinformaticien (6 mois)
Ingénieur Bioinformaticien (4 mois)

www.toulouse.inra.fr
- Etude bioinformatique de la régulation épigénétique de l’expression des gènes dans le modèle d’acclimatation à la chaleur chez le poulet de chair.
- Etude du méthylome.
- Recherche de gènes cibles.
- Test de différents logiciels d'analyses : Bismark, BSmap, MethylKit, MethylPipe, ...
- Utilisation d'un cluster de calcul Genotoul bioinfo.genotoul.fr/

2011 / Sep - 2012 / Sep

Sanofi

Stagiaire Bioinformaticien en alternance (1 an)

www.sanofi.fr
- Développement d'un outil Web en intranet d’annotation automatisée de gènes/protéines (Genesis).
- Annotation de listes de gènes ou de protéines à l'aide de fichiers plats provenant du NCBI
- Rédaction d'un mémoire de stage.

Mes formations

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Découvrez mon parcours scolaire.

2013 / Sep - 2014 / Sep
Université Paul Sabatier, Toulouse

Master 2 - Bioinformatique et biologie des systèmes

  • Bioinformatique des séquences
  • Evolution moléculaire
  • Traitement de l'information biologique
  • Génomique et génétique statistique
  • Fouilles de données
  • Bases de données et technologies Web
  • Programmation et génie logiciel
  • Bioinformatique pour la génomique et la post-génomique
  • Traitement des graphes et réseaux biologiques
  • Simulation des systèmes biologiques
  • Analyse de données multivariées
  • Biostatistiques - Utilisation avancée du modèle linéaire
  • Anglais
  • ...
2013 / Sep - 2013 / Sep
Université Paul Sabatier, Toulouse

Master 1 - Bioinformatique et biologie des systèmes

  • Bases de données avancées
  • Apprentissage automatique et optimisation
  • Intégration de données hétérogènes
  • Biologie des Systèmes
  • Anglais
  • Stage
  • ...
2011 / Sep - 2012 / Sep
IUT de Carcassonne

Licence Professionnelle de Bioinformatique

  • Bases de données avancées
  • Développement Web
  • Système et réseau
  • Développement Java
  • Statistiques
  • Biologie des Systèmes
  • Anglais
  • ...
2018 / Sep - 2011 / Sep
IUT de Rodez

DUT Informatique

  • Algorithmique et programmation (Java)
  • Architecture, systèmes et réseaux (Bash, C)
  • Web, internet, mobilité (HTML, CSS, PHP)
  • Analyse, conception, développement (UML, Meurise)
  • Gestion, comptabilité, économie, droit
  • Mathématiques
  • Anglais
  • Communication
  • ...

Mes compétences

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Découvrez mes compétences professionnelles et personnelles.


Langages de programmation :

  • HTML
  • CSS
  • PHP
  • SQL
  • PERL
  • JAVA
  • BASH
  • R

Langues :

  • FRA
  • ANG
  • ESP

Autres compétences :


Système d'exploitation :
  • Windows 7,8,10
  • Ubuntu
  • Mac OS X El Capitan

Logiciels bioinformatiques :
  • Samtools, bedtools, vcftools, picardtools, ...
  • bwa, bowtie, TMAP, ...
  • Alamut, IGV, ...
  • FastQC
  • R (bioconductor)
  • Oncotator, annovar, VEP, ...
Autres :
  • Utilisation d'un cluster de calcul
  • Notion en réseau
  • Photoshop CS6 et CC

Me contacter

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Vous pouvez me contacter directement à l'aide de mon adresse email ou par les réseaux sociaux.